Covid-19 * France : Corrélations entre rea+si+sc & décès des moins jeunes vs Incidence des plus jeunes…

Encore un follow-up à une série de billets (dernier ici: https://chrisgodlak.medium.com/covid-19-france-corr%C3%A9lation-incidence-par-classe-d%C3%A2ge-et-nouvelles-hospi-rea-si-sc-af2aec5bc7f6) sur les relations entre la fameuse “incidence” (pour mémoire: [“positifs” / population] * 100.000) et les données hospitalières (rea+si+sc & décès), mais cette fois-ci en “croisant” les classes d’âge… puis je verrai cces relations par mois également… Un billet plus long en perspective, accrochez vous!

L’idée consiste à analyser la corrélation entre l’incidence des plus jeunes et les rea+si+sc & décès des moins jeunes. Les classes d’âge sont disponibles uniquement pour les bases hospitalières dites “cumulées” et non pour les “nouvelles entrées”. Du coup, on travaille sur des données qui indiquent chaque jour le “stock” des rea+si+sc & décès. Attention ce sont des données journalières “contemporaines”, un décès le jour j concerne un patient qui est entré en rea il y a n jours mais on n’a pas cette information (malheureusement…).

Je vais procéder comme d’habitude: utilisation données bruts (par région et par date), retard de 7 jours (“moyenne temps incubation prétendu”) pour l’incidence et je vais donc travailler sur les rea+si+sc et les décès. Je vais également calculer des moyennes de ces variables par région. Il y a donc à chaque fois 2 graphiques (rea+si+sc & décès vs incidence (-7j) et les moyennes de ces variables par région). J’oppose d’un côté l’incidence de 4 classes d’âge“ plus jeunes”: 9, 19, 29, 39 et les variables hospitalières des classes “moins jeunes”: 69, 79, 89, 90. Il y a 16 combinaisons de classes d’âge, par ex. incidence classe âge 9 et rea+si+sc & décès classe âge 90… au total 2 x 16 = 32 graphiques.

Je ne vais pas tous les présenter ici mais je vais me concentrer sur la relation entre l’incidence des enfants (0 à 9 ans) et des jeunes (20 à 29 ans) et les rea+si+sc des 70–79 ans. Tous les graphiques sont consultables (en format .png) sous ce lien: https://icedrive.net/1/69hK85Lpbd. [Pour faciliter la lecture: les noms des fichiers fonctionnent ainsi: rdXincidpY = rea+si+sc & décès classe age X vs incidence classe age Y; mrdXmincidpY = moyenne par région rea+si+sc & décès classe age X vs moyenne par région incidence classe age Y.]

Avant toute chose, le “benchmark”: corrélation incidence et rea+si+sc & décès en Métropole + moyennes par région:

Des nuages de points concentrées en bas à gauche essentiellement, un peu de dispersion vers la droite et des points noirs (x) surtout en haut, ainsi qu’un peu de points rouges (triangles). Ajustement linéaire plus pentue pour les rea+si+sc que les décès. On notera que les droites linéaires se croisent autour de 75 en incidence. En dessous, l’incidence “joue plus” sur les décès que les rea+si+sc, au dessus c’est l’inverse. En moyenne, pour une incidence de 100 (-7 jours), on a environ 500 rea+si+sc (en stock) et environ 4000 décès (en stock) en Métropole sur la période mai à décembre.

Par région, on constate que l’Ile de France “tire” beaucoup. C’est Paris et alentours que l’on voit sur le 1er graphique avec les triangles rouges et les croix noirs en haut… Pour une incidence moyenne en dessous de 20, il y a 500 rea+si+sc et 8000 décès (en stocks). Les autres régions sont “alignées” de manière croissante, avec la droite rouge au dessus de la droite noire, mais les points rouge et noir sont plutôt proche (i.e. pour une incidence moyenne donnée, même moyenne de décès et rea+si+sc). Pour une incidence moyenne d’environ 12, le Grand Est a plus de décès que de rea+si+sc en moyenne. C’est l’inverse pour l’Occitanie, avec moins de décès que de reai+si+sc en moyenne. Pour une incidence 2x plus forte, l’Auvergne-Rhone-Alpes a moins de décès que de rea+si+sc en moyenne.

Passons désormais à l’analyse par classes d’âge:

Les 0–9 ans (incidence) vs les 70–79 ans (rea+si+sc & décès):

Les nuages ressemblent au 1er graphique et les droites également, avec écartement plus fort tout de même. Par rapport au 1er graphique (pour incidence 100 : 500 rea+si+sc / 4000 décès), pour une incidence moyenne de 20 chez les enfants, on a environ 150 rea+si+sc et 750 décès chez les 70–79 ans.

Par région, on retrouve un graphique similaire que pour toute la population. Pour toute la population, on avait pour une incidence moyenne en dessous de 20, il y a 500 rea+si+sc et 8000 décès. Ici, pour une incidence moyenne de 4 chez les enfants, on a 50 rea+si+sc et 500 décès en moyenne par région chez les 70–79 ans.

Les 20–29 ans (incidence) vs les 70–79 ans (rea+si+sc & décès):

Les nuages ressemblent toujours au 1er graphique et les droites également, avec écartement plus fort tout de même. Par rapport au benchmark sur population entière (incidence 100 : 500 rea+si+sc / 4000 décès), pour une incidence moyenne de 150 chez les jeunes (qui se font PCR-isés beaucoup plus que les enfants…), on a environ 150 rea+si+sc et 750 décès chez les 70–79 ans. On avait, pour une incidence moyenne de 20 chez les enfants, environ 150 rea+si+sc et 750 décès chez les 70–79 ans.

Par région, on retrouve un graphique similaire que pour toute la population. Pour toute la population, on avait pour une incidence moyenne en dessous de 20, il y a 500 rea+si+sc et 8000 décès. Ici, pour une incidence moyenne de 25, on a 50 rea+si+sc et 500 décès en moyenne par région chez les 70–79 ans.

A ce stade, les incidences des plus jeunes (et les jeunes de 20 ans et + ont été passés à la moulinette du PCR… voir mes autres billets) sont associées à des rea+si+sc et des décès comparables voire similaires chez les 70–79 ans…

Qu’en est il dans le temps ? Je reprends le même exercice que ci-dessus mais je fais l’analyse par mois. En outre je mets ensemble, pour l’incidence, les classes d’âge “jeunes” (0–9; 10–19; 20–29) et pour les rea+si+sc & décès, les classes d’âge “moins jeunes” (70–79; 80–89; 90+). Tous les graphiques sont disponibles sous ce lien en format png: https://icedrive.net/1/65iv1Pjmu8. [Pour faciliter la lecture: les noms des fichiers fonctionnent ainsi: rd79incidp29mX = rea+si+sc & décès classes ages 79 et plus vs incidence classes ages moins de 29, mois X; mrd79mincidp29mX = moyenne par région rea+si+sc & décès classes ages 79 vs moyenne par région classes ages moins de 29, mois X; les mois X vont de 5 à 11.]

Le “benchmark”: sur toute la période, incidences des classes 9, 19, 29 (ensemble) vs rea+si+sc & décès des classes 79, 89, 90+ (ensemble)

Graphique “classique” désormais; pour une incidence moyenne de 100 chez les jeunes on a plus de 200 rea+si+sc et environ 3000 décès chez les moins jeunes. Pour mémoire, sur toutes les classes on avait, en moyenne, pour une incidence de 100 (-7 jours), 500 rea+si+sc (en stock) et environ 4000 décès (en stock) en Métropole sur la période mai à décembre.

Par région, IDF toujours “au top”… Grand Est a plus de décès que de rea+si+sc, Auvergne-Rhône-Alpes à l’inverse. Pour une incidence moyenne par région de 15 chez les jeunes, on a environ 75 rea+si+sc et plus de 2000 décès chez les moins jeunes. Pour mémoire: sur toutes les classes d’âge, pour une incidence moyenne en dessous de 20, il y a 500 rea+si+sc et 8000 décès (en stocks).

Je ne vais pas présenter tous les graphiques; voici juste les graphiques des incidences des classes 9, 19, 29 (ensemble) vs rea+si+sc & décès des classes 79, 89, 90+ (ensemble) en juin vs novembre.

Graphique avec moins de points, on constate des points rouges et noirs en haut, et la droite noire au dessus de la rouge. Incidence faible car PCR faibles… Pour une incidence moyenne de 1 chez les plus jeunes on a en moyenne 50 rea+si+sc et plus de 2000 décès chez les moins jeunes.

Par région, même combat: IDF toujours en haut. Grand Est a incidence moyenne comme IDF mais nettement moins de rea+si+sc et décès mais plus de décès que de rea+si+sc. Pour une incidence moyenne par région de 0.4 chez les jeunes (en juin les PCR ne tournaient pas autant…), on a autour de 25 rea+si+sc et moins de 2000 décès chez les moins jeunes.

En novembre le nuage de points est plus “éparse” avec des points rouges et noirs en haut; la droite noire est en dessous de la rouge. Pour une incidence moyenne de 100 chez les jeunes, on a plus de 200 rea+si+sc et plus de 2000 décès chez les moins jeunes.

Par région: IDF toujours au dessus; Auvergne-Rhône-Alpes avec une moyenne de rea+si+sc comme IDF mais pour une incidence moyenne plus élevée. Pour une incidence moyenne par région de 40 chez les jeunes (100 x plus qu’en juin… le PCR a tourné…) on a 200 rea+si+sc et plus de 2000 décès chez les moins jeunes.

Pour résumer:

Base totale: incidence 100 => 500 rea+si+sc / 4000 décès

Base totale, moy. par région: incidence 20 => 500 rea+si+sc / 8000 décès

Enfants vs 70–79 ans: incidence 20 => 150 rea+si+sc / 750 décès

Enfants vs 70–79 ans, moy. par région: incidence 4 => 50 rea+si+sc / 500 décès

Jeunes vs 70–79 ans: incidence 150 => 150 rea+si+sc / 750 décès

Jeunes vs 70–79 ans, moy. par région: incidence 25 => 50 rea+si+sc / 500 décès

moins de 29 ans vs plus de 79 ans

Benchmark: incidence 100 => 200 rea+si+sc / 3000 décès

Benchmark, moy. par région: incidence 15 => 75 rea+si+sc / 2000 décès

Juin: incidence 1 => 50 rea+si+sc / 2000 décès

Juin, moy. par région: incidence 0.4 => 25 rea+si+sc / 2000 décès

Novembre: incidence 100 => 200 rea+si+sc / 2000 décès

Novembre, moy. par région: incidence 40 => 200 rea+si+sc / 2000 décès